Le 29 décembre 2004, les États-Unis et le Canada ont mis en application l’Accord sur les tiers pays sûrs, par lequel chaque gouvernement a fermé la porte à la plupart des demandeurs du statut de réfugiés à la frontière américano-canadienne.
Le Conseil canadien pour les réfugiés s'oppose vigoureusement à l'Accord, parce que les États-Unis ne sont pas un pays sûr pour tous les réfugiés. Le CCR dénonce également le but et l’effet de la réduction du nombre de réfugiés qui peuvent demander la protection du Canada.
En vertu de l'Accord sur les tiers pays sûrs, les É.-U. et le Canada se sont déclariés mutuellement des pays sûrs pour les réfugiés et ont établi comme principe général que les demandeurs d'asile devraient faire leur demande dans le premier de ces pays dans lequel ils arrivent. Ainsi, les réfugiés qui sont aux É.U. doivent faire leur demande aux É.-U., plutôt de demander la protection au Canada. De la même façon, ceux qui sont au Canada doivent faire leur demande au Canada. Or, dans les faits il y a peu de demandeurs qui voyagent du Canada aux É.-U. pour faire une demande : l'entente vise surtout à empêcher les personnes qui se trouvent aux É.-U. de faire une demande d'asile au Canada.
L'Accord s'applique aux demandes faites à la frontière terrestre à un point d'entrée. Règle générale, les demandes faites à la frontière sont immédiatement refusées, en raison du tiers pays sûr. Il y a cependant certaines exceptions, incluant dans les cas où le demandeur a de la famille au Canada ou lorsque le demandeur est un mineur non-accompagné dont le père et la mère sont ni aux É.-U. ni au Canada. (Voir ci-dessous pour des informations practiques sur l'application de l'Accord).
Le 29 décembre 2005, premier anniversaire de la mise en oeuvre de l'Accord, le CCR a publié un rapport sur la première année du tiers pays sûr, Les
portes se ferment pour les réfugiés. En décembre 2006, le CCR a rendu public sa soumission au Conseil des ministres, qui présente les développements pertinents aux É.-U. en ce qui concerne les politiques et les practiques, depuis la mise en oeuvre de l'Accord. (Une soumission supplémentaire s'est ajoutée en avril 2007). Ces développements signifient que les États-Unis sont moins sûrs que jamais. Le CCR demande au gouvernement canadien de reconnaître que les États-Unis ne correspondent pas aux critères établis dans la loi pour un tiers pays sûr et de mettre fin à la désignation des É.-U. comme tiers pays sûr.
Également le 29 décembre 2005, le Conseil canadien pour les réfugiés, Amnistie internationale et le Conseil canadien des Églises, conjointement avec un demandeur d'asile colombien se trouvant aux É.-U. ont entamé une contestation judiciaire de la désignation des É.-U. comme tiers pays sûr pour les réfugiés.
Le 29 novembre 2007, le juge Michael Phelan de la Cour fédérale a conclu que la désignation des États-Unis comme tiers pays sûr est invalide et illégal, qu'il n'est pas raisonnable de conclure que les É.-U. se conforment à leurs obligations en matière de non-refoulement en vertu de la Convention sur les réfugiés et la Convention contre la Torture, et que l'application de la règle du tiers pays sûr viole les droits garantis dans la Charte à la vie, la liberté et la sécurité de la personne (l'article 7) et à la non-discrimination (l'article 15). La Cour a également jugé que le Conseil des ministres fédéral n'a pas assuré le suivi de l'examen du statut des É.-U. comme tiers pays sûr, tel qu'exigé dans la loi.
Le 17 janvier 2008, le juge Phelan a émis son ordonnance finale , statuant que la désignation des É.-U. comme tiers pays sûr sera annulée le 1 février 2008. Le 31 janvier 2008, la Cour d'appel fédérale a accordé un sursis de l'ordonnance invalidant le tiers pays sûr, en attendant une décision sur l'appel introduit par le gouvernement. Cela signifiait que les règles du tiers pays sûr demeuraient en vigueur.
Le 27 juin 2008, la Cour d'appel fédérale a accueilli l'appel interjeté par le gouvernement. Même si la Cour a annulé la décision du juge Phelan, son arrêt n'a pas conclu que les États-Unis sont un pays sécuritaire pour tous les réfugiés. La Cour a plutôt conclu qu'elle n'avait pas à examiner les réalités auxquelles les réfugiés aux É.-U font effectivement face.
En septembre 2008, le CCR et les autres groupes ont déposée à la Cour suprême une demande a d’autorisation d’interjeter appel de la décision de la Cour d’appel fédérale. En février 2009, la Cour suprême a décidé de ne pas entendre l'affaire.
